Wystawa omawia przemiany w życiu najstarszych mieszkańców okolic Krakowa na przestrzeni ostatnich ponad 70 tysięcy lat. W tym bardzo długim odcinku czasu, krajobraz przechodził istotne przeobrażenia, spowodowane przemianami klimatycznymi związanymi z przesuwaniem się lodowca skandynawskiego. Obok zmian w rzeźbie terenu wielkim przemianom ulegała też szata roślinna - od ubogiej tajgi, poprzez stepo-tundrę aż po bogaty las mieszany optimum klimatycznego holocenu.

Rozmieszczone na ekspozycji stare plany i niezwykle efektowne wirtualne rekonstrukcje ułatwiają orientację w krajobrazie miasta i pomagają wyobrazić sobie jego dawny wygląd. Historia zabudowy tego miejsca rozpoczyna się od czasów powstania i rozwoju podgrodzi, którego część zachowanych w podziemiach Muzeum kamiennych (nieco późniejszych) fortyfikacji można oglądać na wystawie in situ. Od początku XVII wieku istniał tu klasztor karmelitów, który wystawił okazały kościół klasztorny.

W hallu wejściowym do Muzeum (od strony ogrodów) znajduje się gablota ze sławnym już w środowisku archeologów zabytkiem, jakim jest tzw. waza z Bronocic. Zabytek ten jest zresztą ciekawy i dla szerokiej publiczności (eksponowany okaz jest kopią wykonaną przez Renatę Wójtowicz z Oddziału Muzeum w Nowej Hucie). Podczas badań wykopaliskowych prowadzonych w Bronocicach (gm. Działoszyce, woj. świętokrzyskie) doszło w 1976 roku do niecodziennego odkrycia - znaleziono wazę z ornamentem.

Najcenniejszą i najbardziej efektowną część zbioru stanowią cztery sarkofagi pochodzące z wykopalisk w el-Gamhud, miejscowości położonej dwadzieścia km na południe od Medinet el-Fayum, po zachodniej stronie Nilu, prowadzonych w latach 1907-1908 przez Tadeusza Smoleńskiego. Jedna z trumien, w typie "brzuchatych" (belly coffins), odznaczająca się płaskim dnem i okazałym wypukłym wiekiem, należy do kapłanki Izydy imieniem Aset-iri-khet-es.