Biblia Czterdziestodwuwierszowa lub Biblia Mazarina - pierwsze wydawnictwo dziełowe w Europie wykonane za pomocą druku (przy użyciu czcionki ruchomej). Jest kompletnym wydaniem Pisma Świętego. Została przygotowana do druku i wydrukowana w latach 1452-1455 w Moguncji przez Jana Gutenberga, który był również jej wydawcą. Biblia wydrukowana została prawdopodobnie w ok. 200 egzemplarzach - 165 na papierze i 35 na pergaminie.

Na parterze muzeum znajduje się skarbiec, w którym mieszczą się zabytki rzemiosła artystycznego. W skarbcu prezentowane są wyroby złotnicze, głównie paramenty mszalne - kielichy, monstrancje itp. z wszystkich epok.

Sztuka nowożytna obejmuje szeroki okres ostatnich pięciu stuleci i składają się na nią eksponaty, które tylko w stopniu akcydentalnym reprezentują poszczególne okresy. Najwięcej obiektów pochodzi z doby baroku. Kolekcja jest stale uzupełniana. Wiek XIX i XX są reprezentowane symbolicznie. Ostatnio Muzeum zostało ubogacone przez donacje J.E. Biskupa Pelplińskiego w postaci dużej kolekcji medali pamiątkowych z okresu jego dotychczasowych rządów w diecezji.

Sztuka średniowieczna pozostaje pierwszym i podstawowym punktem ciężkości naszych zbiorów. Najważniejsze obiekty muzeum były pierwszymi gromadzonymi przez biskupa Okoniewskiego, jego założyciela i patrona oraz przez ks. infułata Liedtkiego, jego najbliższego współpracownika. Kolekcje uzupełnił w sposób znaczący ks. kanonik Roman Ciecholewski.

Pałac Wielkich Mistrzów obejmuje wnętrza: Kancelaria; Niska sień i aula wejściowa Sala Królewiecka; Zimowy Refektarz; Letni Refektarz; Wysoka Sień; Sypialnia; Kaplica wielkich mistrzów. W przyziemiu skrzydła zachodniego, do którego wiodło osobne wejście z dziedzińca, mieściło się archiwum i kancelaria Zakonu - jeden z najważniejszych urzędów krzyżackich. Na czele kancelarii stał kapelan wielkich mistrzów. Być może tu również funkcjonowała tak zwana Mała Kancelaria.

Wystawa zabytkowego oręża obejmuje wiele cennych okazów z okresu od czasów średniowiecza aż do ubiegłego stulecia. Składają się na nią miecze średniowieczne, rapiery, szpady, arkebuzy, muszkiety i pistolety oraz uzbrojenie ochronne, hełmy, kirysy i zbroje. Wśród prawdziwych rarytasów wyróżniają się napierśniki zbroi turniejowych z XVI w., płytowy półzbrojek jeździecki z XVII stulecia, przykłady myśliwskiej broni palnej z XVII i XVIII w., pistolety puffery z XVI w., strzelby cieszynki z XVII w.

Ekspozycja przedstawia dzieje bursztynu, który towarzyszy twórczości człowieka od czasów prehistorycznych aż po dziś dzień. Wstęp do wystawy stanowi część geologiczno-przyrodnicza ukazująca bursztyn jako minerał, w jego różnych odmianach i formach. Historię bursztynu jako dzieła rąk ludzkich rozpoczyna obszerna część archeologiczna ukazująca najstarsze ozdoby i amulety. Trzon wystawy i zarazem całej Kolekcji Bursztynu stanowią jednak wspaniałe szkatuły, ołtarzyki, sztućce, świeczniki...

Zamek Średni obejmuje: Wielki Refektarz; Kuchnia i izba kuchmistrza; Średniowieczny system ogrzewczy Zamku Malborskiego; Piwnice; Sala Halabarda - Wystawa bursztynu; Pasaż z Apokalipsą; Wystawa broni i uzbrojenia; Kaplica św. Bartłomieja; Infirmeria. W zachodnim skrzydle z Pałacem Wielkich Mistrzów sąsiaduje Wielki Refektarz - największe i najwspanialsze wnętrze w całej świeckiej architekturze Zakonu. Część badaczy zalicza go w skład Pałacu. Wsparte na trzech smukłych filarach.

W salach tych prezentowane są przede wszystkim relikty wystroju i wyposażenia wnętrza głównego kościoła zamkowego pw. NMP, zarówno z okresu krzyżackiego, jak i z czasu użytkowania go przez jezuitów oraz z przełomu XIX i XX w. (okresu restauracji zamku przez Konrada Steinbrechta w latach 1882-1922). Ekspozycja obejmuje zarówno rzeźbę i detal architektoniczny, jak i destrukty rzeźb drewnianych czy malarskie elementy retabulów. W sali prezentowany jest też Ołtarz z Tękit.

Umieszczona w dormitorium wystawa rzeźby gotyckiej prezentuje zarówno figury kultowe, jak i przedstawienia do prywatnej dewocji. Są to przede wszystkim wyobrażenia Matki Boskiej. W państwie krzyżackim kult Marii miał szczególne znaczenie, nie tylko od strony religijnej, ale także politycznej - umacniał władzę Krzyżaków na terenie Pomorza. Maria była patronką Zakonu i Malborka. Dużą czcią otaczano także matkę Marii - św. Annę. Jej wezwanie nosi kaplica grzebalna wielkich mistrzów.