Zbiory muzeum to przede wszystkim przez lata pieczołowicie gromadzone pamiątki związane z jeńcami wojennymi, w szczególności polskimi, w latach II wojny światowej. Należą do najcenniejszych i największych w Polsce. Zostały przekazane muzeum w dużej mierze przez byłych jeńców i ich rodziny oraz różne instytucje i organizacje. Zbiory muzeum tworzą archiwalia i muzealia, a także zbiór biblioteczny. Opiekę nad archiwaliami i księgozbiorem sprawuje Dział Dokumentacji i Biblioteka w Opolu, natomiast nad muzealiami – Dział Zbiorów i Konserwacji w Łambinowicach. Archiwalia i muzealia są udostępniane badaczom po otrzymaniu zgody Dyrektora na pisemnym wniosku. Muzeum zwraca się z apelem do wszystkich, którzy posiadają jeszcze pamiątki związane z jeńcami wojennymi, o przekazanie ich do naszego muzeum. Zostaną tu otoczone profesjonalną opieką. Będą cennym dokumentem czasu niewoli.
Muzeum ma dwie siedziby: w Łambinowicach i Opolu, które są odległe od siebie o około 40 km. W Łambinowicach znajdują się działy Zbiorów i Konserwacji oraz Oświatowo-Wystawienniczy. W Opolu mieści się dyrekcja muzeum oraz prezentowane są wystawy czasowe
