Muzeum zostało otwarte w 1984 roku. Mieści się w zabytkowym budynku, który jest przykładem typowej XIX wiecznej architektury fabrycznej. Powstał w II połowie XIX wieku jako Fabryka Wyrobów Metalowych Emila Kelcha. W 1921 roku władze niepodległej Polski utworzyły w jej miejsce Wytwórnię Wyrobów Metalowych „Arkona”. Podczas II wojny światowej teren fabryki stanowił obóz przejściowy dla polskich wysiedleńców oraz zakład produkujący wyposażenie na potrzeby wojskowe. Po wojnie w fabryce została uruchomiona produkcja gazomierzy i sprzętu gospodarstwa domowego. Pierwsza wystawa muzeum nosiła tytuł Dzieje żeglugi Wiślanej i obecnie, razem z wystawami: Łodzie ludowe dorzecza Wisły oraz Dzieje kajakarstwa polskiego, jest wystawą stałą. Muzeum Wisły to jedyna taka placówka w Polsce, a czwarta na świecie. Muzeum jest oddziałem Centralnego Muzeum Morskiego w Gdańsku.
W 2007 r. budynek Muzeum został gruntownie zmodernizowany, a muzeum przekształciło się w placówkę o szerszej formule - Centrum Wystawienniczo-Regionalne Dolnej Wisły. Głównym zadaniem Centrum jest prowadzenie działalności kulturalnej, w tym propagowanie historii miasta i regionu kociewskiego oraz wzmacnianie identyfikacji mieszkańców Tczewa z miastem, jego historią oaz tradycją.
Potop, powodzie, podtopienia / 0 - otwarta(424, 0.88) Posterowa ekspozycja ukazuje różne aspekty zagrożenia żywiołem wody. Na początek przedstawiony został Mit o Potopie i naukowe hipotezy na temat tego biblijnego zdarzenia. Następnie klasyfikacja typów powodzi, której towarzyszą przykłady znane z historii Polski i Gdańska, takie jak powódź z 1829 roku i klęska powodziowa z 2001 roku. Uwzględnione też zostały praktyczne informacje, jak należy postępować w razie zagrożenia żywiołem wody.
Szkoła Morska w Tczewie 1920-1930 / 1 - otwarta(232, 0.48) Wprowadzeniem do wystawy jest przypomnienie Polaków, którzy doświadczenia z pracy we flotach obcych państw wykorzystali w tworzeniu polskiej marynarki po odzyskaniu niepodległości w 1918 r., w tym sylwetki Kazimierza Porębskiego, głównego twórcy myśli morskiej w niepodległej Polsce, organizatora szkolnictwa morskiego. W części przedstawiającej początki Szkoły Morskiej znajdują się informacje związane z Tczewem okresu międzywojennego - siedzibą Szkoły.
Transatlantyk m.s. "Piłsudski" w Tczewie / 0 - otwarta(651, 1.35) Wystawa poświęcona słynnemu polskiemu statkowi pasażerskiemu m.s. Piłsudski gości obecnie w Muzeum Wisły - tczewskim oddziale CMM. Ekspozycja przygotowana z okazji przypadającej w dniu 26 listopada 2009 roku 70. rocznicy zatonięcia statku opowiada historię, wpierw transatlantyku kursującego między Gdynią a Nowym Jorkiem, później transportowca militarnego, który na początku służby wojennej zatonął z niewyjaśnionych przyczyn u wybrzeży Anglii.
