Muzeum powstało w 1965 roku. Od czerwca 1972 r. stałym lokum stał się barokowo-klasycystyczny dworek Du Chateau, jedna z najbardziej reprezentacyjnych budowli miasta. W latach 1977-1983 siedziba muzeum została poddana remontowi, a pod koniec 1984 roku udostępniono nowe ekspozycje, obejmujące: pradzieje i historię regionu, sztukę ludową i współczesną. Od grudnia 1984 r. w odnowionych wnętrzach udostępniono ekspozycję stałą, obejmującą pradzieje regionu, historię miasta i okolic, dzieje Towarzystwa Rolniczego Hrubieszowskiego, hrubieszowską sztukę ludową i sztukę – w tym galerię obrazów Pawła Gajewskiego. W okresie 40 lat działalności muzeum zgromadziło około 11.000 zabytków z zakresu archeologii, etnografii, historii, numizmatyki i sztuki – w większości o tematyce regionalnej, oraz ponad 7.000 eksponatów dokumentacji współczesności. Ponadto Muzeum prowadzi specjalistyczną bibliotekę, liczącą ponad 5.000 woluminów.
W zbiorach historycznych zgromadzono bogaty zespół archiwaliów, począwszy od XVIII w. po czasy współczesne, dokumentujące wydarzenia i życie codzienne mieszkańców miasta i regionu. W zbiorach artystycznych dominuje malarstwo i grafika powstałe w czasach powojennych.
