Na powierzchni ponad 150 m2 , w 6 dioramach odwzorowano wybrane typy środowisk leśnych. Zadbano by wycinki przyrody umieszczone za szybą do złudzenia imitowały autentyczne środowiska leśne. Przy tworzeniu wystawy starano się wiernie przyporządkować nie tylko poszczególne gatunki do odpowiednich środowisk, ale również dopasować je do pory dnia i pory roku. Jest tu las liściasty - grąd, gdzie pośród gałęzi rosłego dębu obserwować można codzienne życie drobnych ptaków.

Wystawa w późnogotyckim wnętrzu dawnego Wielkiego Refektarza (klasztornej jadalni) prezentuje ceramikę używaną w Gdańsku od XV po XX wiek. Podstawą dla utworzenia gdańskiej kolekcji był zbiór Ludwiga Garbego zakupiony w 1881 roku przez władze Gdańska w celu utworzenia Prowincjonalnego Muzeum Rzemiosł Artystycznych. Zbiór Garbego został udostępniony w 1884 roku, obejmował wszystkie typy ceramiki: kamionkę, fajanse, porcelanę i wyroby garncarskie.

Kolekcja mebli liczy blisko 470 eksponatów. Wzbogacona o kilkadziesiąt depozytów różnych instytucji i osób prywatnych, zawiera meble wyrobu miejscowych warsztatów: gdańskich i elbląskich, eksponaty z krajów północnoeuropejskich, a także obiekty mniejszych rozmiarów, jak: drewniane wywieszki i puchary cechowe, dekoracje snycerskie, świeczniki, konsole i inne sprzęty. Trzon obecnej kolekcji, uzupełnianej stopniowo o nowe nabytki i depozyty.

Już od czasów średniowiecza Gdańsk był prężnym ośrodkiem rozwoju rzemiosł kowalsko-ślusarskich. O znaczeniu tej gałęzi rzemiosła może świadczyć fakt, że kowale wraz ze ślusarzami należeli do jednego z czterech Cechów Głównych. W okresie nowożytnym zasłużoną sławę nie tylko w Prusach Królewskich, lecz także w Rzeczypospolitej, zdobyły sobie zwłaszcza kraty gdańskie, dzieła efektowne i dużych rozmiarów, zamawiane niejednokrotnie przez zleceniodawców z głębi kraju.

Muzeum posiada około 150 różnych obiektów wykonanych z cyny. Są to sprzęty domowe oraz pochodzące z kościołów katolickich i luterańskich. Prawdziwą rzadkością, z powodu nietrwałości i łatwego zużywania się cyny jest średniowiecza konew w typie tzw. hanzeatyckim i ampułki mszalne. Różne odrębności stylistyczne prezentują dzbanki wykonane w Gdańsku, Królewcu, Elblągu, Bernie i Wallis, Rotterdamie, Lipsku, Jeleniej Górze.

Podstawę kolekcji złotnictwa stanowią dzieła przekazane przez różne korporacje miejskie, kościoły i zbory protestanckie, które pozyskało Muzeum dzięki hojności obywateli gdańskich w końcu XIX wieku i w okresie międzywojennym w wieku XX. Dzieła te wykonane zostały w warsztatach gdańskich i pruskich, w okresie późnego średniowiecza oraz w czasach nowożytnych (wiek XVII do schyłku XVIII), gdy Gdańsk dominował w zakresie wytwórczości złotniczej.

Zapis testamentowy kupca i kolekcjonera Jacoba Kabruna (1759 - 1814), przekazującego rodzinnemu Gdańskowi cenną kolekcję rysunków i grafik mistrzów europejskich od końca XV do początków XIX wieku, stał się wyzwaniem dla władz miasta i jedną z najistotniejszych przyczyn powołania w 1872 roku gdańskiego Muzeum Miejskiego. Mimo upływu niemal dwustu lat od śmierci kolekcjonera i 135 lat od powstania Muzeum, którego tradycje kontynuuje obecne Muzeum Narodowe.

Zbiór Malarstwa Flamandzkiego i holenderskiego miał swój początek w kolekcji gdańskiego kupca Jakoba Kabruna (1759-1814) przekazanej miastu testamentem w 1814 roku. W 1872 roku zbiory te stały się własnością otwartego wówczas Stadtmuseum. Muzealna galeria rozrastała się dzięki zakupom. Do najważniejszych nabytków należą obrazy zakupione dla Stadtmuseum Danzig w latach 1940-1943, które nadały ton ówczesnej kolekcji malarstwa flamandzkiego i holenderskiego. Wojenne losy tej kolekcji były burzliwe.

Galeria obejmuje dzieła powstałe od XVI do początku XX stulecia: obrazy artystów związanych z Gdańskiem oraz mistrzów obcych, prace wykonane na zlecenie władz miasta, przedstawicieli patrycjatu i mieszczaństwa. Prezentowane obrazy pochodzą z przedwojennych zbiorów Muzeum Miejskiego - Stadtmuseum, prac zakupionych po wojnie oraz depozytów. Ekspozycję malarstwa gdańskiego otwierają dzieła powstałe w pierwszej połowie XVI wieku w kręgu oddziaływania malarstwa południowoniemieckiego.

Kolekcja tkanin obejmuje zabytki od XIII po wiek XX. Znaczącą częścią zbioru są obiekty, które zasilały kolekcję od chwili powstania Muzeum do II wojny światowej. Zebrano wówczas około 1000 eksponatów, które trafiły do Muzeum dzięki zakupom, darowiznom i depozytom. Były wśród nich tkaniny wschodnie, tapiserie, paramenty liturgiczne z gdańskich i pomorskich kościołów, stroje i akcesoria mody oraz koronki. Po II wojnie światowej część ocalałego zbioru stał się podstawą kolekcji uzupełnianej do dzisiaj.