Wystawa prezentuje nieznaną dotąd szerzej kolekcję ikon, która jest jednym z najstarszych i najcenniejszych zbiorów malarstwa cerkiewnego w Europie Środkowej. Znajdują się tu przede wszystkim dzieła pochodzące z południowo-wschodnich rubieży dawnej Rzeczypospolitej. Najważniejszą część zbioru stanowią bezcenne ikony piętnasto- i szesnastowieczne z rejonu Karpat, określane także jako zachodnioruskie.

Wystawa przedstawia dzieła polskiej sztuki średniowiecznej i nowożytnej, pochodzące ze zbioru gromadzonego od XIX wieku, które prezentowane są w zabytkowych wnętrzach Pałacu Biskupa Erazma Ciołka. Najważniejszą częścią wystawy są obrazy i rzeźby gotyckie, od XIV do początku XVI wieku, wśród nich fascynująca rzeźba Madonny z Krużlowej (ok. 1410), jak również najstarsze polskie epitafium obrazowe upamiętniające rycerza Wierzbiętę z Branic.

Galeria ta jest najobszerniejszą tego typu prezentacją muzealną w Polsce. Na powierzchni ponad trzech tysięcy metrów kwadratowych można zapoznać się z wybranymi zjawiskami sztuki polskiej minionego i obecnego stulecia. Ekspozycję otwierają najwybitniejsze przykłady sztuki polskiej około roku 1900. Znaleźć tu można młodopolskie obrazy takich osobistości malarstwa polskiego, jak: Witold Wojtkiewicz, Olga Boznańska, Wojciech Weiss, Józef Pankiewicz, Ferdynand Ruszczyc czy Jacek Malczewski.

Galeria jest największą tego typu stałą ekspozycją muzealną w Polsce. Zaznajamia zwiedzających z bogactwem polskiego i zachodnioeuropejskiego rzemiosła artystycznego w układzie chronologicznym, od czasów wczesnego średniowiecza po secesję. Prezentowana ekspozycja wraz ze stylowo zaaranżowanymi wnętrzami, kolekcją złotnictwa, tkanin, ubiorów, mebli, ceramiki i szkła, uzupełniona została unikatowym zbiorem instrumentów muzycznych, judaików i masoników.

Galeria jest największą w Polsce, po Muzeum Wojska Polskiego w Warszawie, galerią militariów. Powstała w 1991 roku. Każda z sal jest w innych, żywych kolorach, dostosowanych do charakteru pokazywanych w nich 1600 eksponatów. Opowiadają one 1000-letnią historię polskiej wojskowości - od wieku X po czasy II wojny światowej. To jeden z największych i najlepszych zbiorów dawnych militariów, jakie znajdują się w polskich muzeach.

Prezentowane w podziemnym Muzeum prace były tworzone podczas XI Międzynarodowego Pleneru Artystów Niepełnosprawnych, który odbył się w dniach 2 - 4 września 2010 r. Tegoroczny plener był wyjątkowo bogaty w inspirujące i piękne miejsca. Artyści odwiedzili Wieliczkę, Niegowić, Wadowice, Kalwarię Zebrzydowską oraz Kraków. W tych miejscach dokumentowali swoje wrażenia i emocje malując świątynie, pomniki i miejsca związane z Papieżem.

Wystawa przybliży główne gałęzie przemysłu wydobywczego funkcjonującego współcześnie w naszym kraju i zasygnalizuje jego historyczny rozwój, sięgający epoki kamienia. Tak jak podstawą naszej egzystencji biologicznej stanowi to co ziemia zrodzi, tak rozwój cywilizacyjny ludzkości od zarania dziejów zależał, jest i będzie uwarunkowany przede wszystkim od tego co z niej wydobędzie. To od kopalin pozyskiwanych z ziemi nazwano epoki rozwojowe człowieka.

Wystawa sygnalizuje zagadnienia z historii polskiej fotografii. Prezentuje dorobek polskich fotografów - począwszy od rzemieślników z przełomu wieków XIX i XX aspirujących do miana artystów, aż do fotografików - przedstawicieli Fotoklubów: Wileńskiego i Polskiego działających w okresie dwudziestolecia międzywojennego. Przedmiotem ekspozycji są zdjęcia - od portretu poprzez fotografię krajobrazową i etnograficzną, zdjęcia architektury, ilustracje prasowe aż do zdjęć reportażowych.

Wystawa nosząca tytuł "Śladami europejskiej tożsamości Krakowa" jest multimedialnym widowiskiem, podróżą w czasie. Zwiedzający mogą nie tylko zobaczyć, ale i dotknąć historii z początków legendarnego miasta. W parku archeologicznym, znajdującym się ponad 4 metry pod powierzchnią rynku, można zobaczyć niespotykany w Europie przekrój wielkiego, tętniącego życiem, średniowiecznego Krakowa. Odnalezione zabytki świadczą o ciągłości handlu, który w tym miejscu trwa nieprzerwanie od ponad 800 lat.

W Domu Jana Matejki znajdują się prace reprezentujące wszystkie fazy twórczości: od młodzieńczych realizacji (np. "Martwa natura", 1852; "Widok z Wieży Ratuszowej w Krakowie", 1857) po te ostatnie ("Carowie Szujscy na sejmie warszawskim", 1892). Wiele eksponatów wiąże się z kolejnymi etapami pracy twórczej artysty. Są tu niewielkie kompozycje historyczne, szkice do wielkich płócien, wizerunki postaci historycznych. Ważne miejsce zajmują portrety rodziny i przyjaciół.