Zgromadzone obiekty pochodzące z okresu od III tysiąclecia p.n.e. do IV wieku n.e. odznaczają się dużą różnorodnością pod względem materiału i technik wykonania, a dziełom sztuki towarzyszą przedmioty codziennego użytku: obok marmurowych rzeźb i płaskorzeźb znajdują się sarkofagi terakotowe i drewniane, mozaika i fragmenty malowideł ściennych, drobna plastyka, ceramika - zbiór waz greckich, biżuteria, naczynia szklane, obiekty z brązu.

Ekspozycja prezentowana w Klasztorku zachowała klimat wnętrz puławskiego Domu Gotyckiego. Zebrano tu pamiątki rodzinne Czartoryskich, a przede wszystkim portrety największych przedstawicieli rodu oraz militaria polskie, europejskie i bliskowschodnie, związane często z wielkimi osobistościami historycznymi. Znalazły tu miejsce pamiątki po sławnych ludziach, odgrywające znaczącą rolę w początkowym okresie funkcjonowania kolekcji stworzonej przez Izabelę Czartoryską w Puławach.

Obie połączone stałe wystawy zajmują osiem sal I piętra Pałacu. Myśl przewodnia Galerii nawiązuje do romantycznej idei Izabeli Czartoryskiej, która pragnęła ukazać pamiątki - prawdziwe i rzekome - głównie po królach i wybitnych osobistościach Polski, zebrane ku pokrzepieniu serc rodaków po utracie niepodległości z końcem XVIII wieku. Na szczególną uwagę zasługują portrety: ostatnich Jagiellonów wykonane w warsztacie Łukasza Cranacha Młodszego w połowie XVI wieku.

Galeria Malarstwa Europejskiego obejmuje obrazy, miniatury i rzeźby obce i polskie. Należą one do kolekcji Książąt Czartoryskich, zapoczątkowanej przez Izabelę Czartoryską w Puławach (pocz. XIX w.) i rozbudowanej przez Władysława Czartoryskiego (2. poł. XIX w.) oraz obrazy i rzeźby obce należące do kolekcji Muzeum Narodowego w Krakowie, gromadzonej od jego powstania w 1879 roku. Ekspozycja Galerii ułożona chronologicznie daje możliwość przeglądu dziejów europejskiego - w tym także polskiego.

Ekspozycję tworzą zdjęcia, dokumenty, afisze i plakaty propagandowe oraz różne pamiątki osobiste - przedmioty wykonane przez więźniów, broń i mundury, także obiekty związane z funkcjonowaniem getta żydowskiego w Krakowie i holocaustem. Ekspozycja składa się z trzech części. Pierwsza ukazuje hitlerowski aparat terroru i politykę okupanta realizowaną wobec polskiej ludności Krakowa oraz zagładę Żydów krakowskich przeprowadzoną przez niemieckich zbrodniarzy w latach 1939 1943.

Wystawa ma charakter popularno-naukowy. Obszar, którego dotyczy wystawa obejmuje okolice Krakowa położone na północ od Karpat. Wystawa składa się z 3 uzupełniających się części: stratygraficzno-litologicznej, paleontologicznej oraz z części poświęconej tektonice, rzeźbie i historii poznania budowy geologicznej obszaru. We wstępie do wystawy znajdują się ogólne informacje o budowie geologicznej obszaru krakowskiego oraz informacje wprowadzające i objaśnienia do zasadniczych jej części.

Stała ekspozycja Muzeum Farmacji jest rozmieszczona na wszystkich pięciu kondygnacjach, od piwnic począwszy, na strychu kończąc - co w przypadku piwnic i strychu ma również merytoryczne uzasadnienie. "Pod apteką" - pisał J. Lachs (Dawne aptekarstwo krakowskie) - bywała piwnica (cellarium), w której przechowywano materiał ulegający zepsuciu w pomieszczeniu suchym lub pod wpływem światła, a nie psujący się w wilgoci i w miejscu ciemnym - a więc wosk, oliwa itd.

Jest to jedyny w Europie, a prawdopodobnie również na świecie szlak pielgrzymkowy, który wytyczono pod ziemią. Schodząc pod ziemię pielgrzymi zwiedzają solne oraz drewniane kaplice, poznają górnicze tradycje i panujące w kopalni zwyczaje. Schodząc pod ziemię pielgrzymi zwiedzają solne oraz drewniane kaplice, poznają górnicze tradycje i panujące w kopalni zwyczaje. Szlak Pielgrzymkowy "Szczęść Boże" to znakomita okazja do poznania religijnego oblicza wielickich podziemi.

Kilkusetletnia eksploatacja złoża soli kamiennej ukształtowała obecny układ przestrzenny wyrobisk górniczych. Skryte pod miastem, usytuowane na dziewięciu poziomach, sięgają głębokości 327 m. Podziemna trasa powstała na przełomie XVIII i XIX wieku. To blisko 300 km chodników i ok. 3000 komór. Część udostępniona do zwiedzania obejmuje 3,5 kilometrowy odcinek, położony na głębokości od 64 m do 135 m. Czas zwiedzania to ok. 2 godziny.

Na dwóch piętrach kamienicy Hipolitów urządzono wystawę wnętrz. Możemy więc zobaczyć gabinet bogatego mieszczanina z XVII w., którego ozdobą jest stiuk Fontany. Obok niewielki gabinecik z tego czasu z zachowaną szafką w ścianie. Stamtąd przechodzimy do sypialni ozdobionej rokokowymi malowidłami w pastelowych kolorach i meblami zdobionymi dekoracją kwiatową. Dalej znajduje się bawialnia urządzona meblami z różnych epok, a więc w taki sposób, jak niegdyś urządzano mieszkania.