W dawnej południowej sali kobiet znajduje się wystawa dotycząca życia rodzinnego i prywatnego. Znajdują się tam eksponaty związane z przestrzeganiem tradycyjnych przepisów żywieniowych w domu żydowskim, modlitwą codzienną i cyklem życia jednostki od narodzin po śmierć. Są amulety towarzyszące narodzinom dziecka, nóż obrzezywacza, sceny nauki w domu i w szkółce religijnej, aranżacje i dokumenty odnoszące się do obrzędu ślubnego, życia małżeńskiego i rozwodu.

Wystawa w głównej sali modlitewnej jest poświęcona synagodze i najważniejszym świętom religijnego kalendarza żydowskiego, jak Szabat, Nowy Rok i Dzień Pojednania, Kuczki, Chanuka, Purim i Pesach. W synagodze najważniejszym obiektem kultu jest pergaminowy zwój z tekstem Pisma Świętego - Tory. W czynnych synagogach zwoje Tory są przechowywane w Arce umieszczonej na wschodniej ścianie synagogi. Na wystawie można zobaczyć haftowane zasłony Arki i ozdoby, którymi dekorowane są zwoje Tory.

Wystawa jest opowieścią o Krakowie i losach jego polskich i żydowskich mieszkańców w czasie II wojny światowej, ale też o Niemcach - okupantach, którzy pojawili się tutaj 6 IX 1939 i brutalnie przerwali wielowiekową historię polsko-żydowskiego Krakowa. Wielka historia II wojny światowej krzyżuje się tu z życiem codziennym, życie prywatne - z tragedią, która dotknęła cały świat. 30 interaktywnych stanowisk z monitorami dotykowymi, 70 ścieżek dźwiękowych, 15 wideoprojektorów.

Wystawa jest unikatową ekspozycją w skali Europy, zlokalizowaną w autentycznej siedzibie jednego z najstarszych polskich bractw kurkowych, które niemal nieprzerwanie, od siedmiu wieków kontynuuje swą działalność. Prezentowane tu strzeleckie pamiątki zostały przekazane po rozwiązaniu bractwa (1951 r.) do zbiorów Muzeum Historycznego Miasta Krakowa (1952 r.), gdzie utworzono z nich osobną kolekcję, stale odtąd uzupełnianą i powiększaną przez kolejne nabytki i dary.

Wystawa odkrywa niezwykłe zjawiska zachodzące we wnętrzu skał. W pustkach, pęknięciach i szczelinach skalnych, przy sprzyjających warunkach, rozwijają się mineralizacje zwane sekrecjami. Niektóre z nich są cennymi, rzadkimi i urzekającymi swą urodą skarbami. Pośród prezentowanych obiektów na szczególną uwagę zasługują agaty, w których przyroda, wyjątkowy artysta, wyraziła swój kunszt w niezwykłym i niepowtarzalnym bogactwie barw i kształtów.

W ekspozycji zaakcentowano historyczność miejsca, które znalazło się w samym centrum krakowskiego getta. Jest zaaranżowany fragment starej apteki, tam, gdzie się rzeczywiście znajdowała. Ekspozycja obejmuje czas zagłady; zbudowana z fotografii, dokumentów, planów i eksponatów muzealnych. Dopełnieniem są krótkie filmy archiwalne na temat życia społeczności żydowskiej w międzywojennym Krakowie, w getcie i obozie koncentracyjnym w Płaszowie.

Udostępniony ogródek na górnym tarasie przy elewacji wschodniej zamku jest pierwszym elementem, odtwarzanego renesansowego zespołu ogrodowego, istniejącego niegdyś w tej części wzgórza. Odkryte podczas prac archeologicznych relikty królewskiego ogrodu pozwoliły zrekonstruować układ ceglanych ścieżek i regularnych rabat. Wzmianki historyczne, z których wynika istnienie skrzyń w ogrodach wawelskich, stały się podstawą do zastosowania, często spotykanych w tamtym czasie, tzw. rabat skrzyniowych.

Smocza Jama - jaskinia w zachodnim zboczu wawelskiego wzgórza, owiana legendą, jest niewątpliwie jedną z większych jego osobliwości. Zwiedzanie Smoczej Jamy rozpoczyna się z terenu wzgórza opodal baszty Złodziejskiej. W ceglanej wieżyczce (dawnej studni austriackiej), znajduje się klatka schodowa. Długość pieczary wynosi 270 m, a dostępna trasa do zwiedzania 81 m. Smoczą Jamę do zwiedzania przystosował Profesor Adolf Szyszko-Bohusz po odzyskaniu w r. 1918 przez Polskę niepodległości.

Ekspozycja mieści się w przyziemiu budynku zamykającego od strony zachodniej dziedziniec pałacu królewskiego. Utworzony rezerwat archeologiczno-architektoniczny obejmuje czteroabsydową rotundę Najświętszej Panny Marii - ŚŚ. Feliksa i Adaukta, a także pozostałości gotyckiego zamku, relikty renesansowych kuchni królewskich; prezentowane są rezultaty dokonanych na Wzgórzu odkryć archeologicznych, fragmenty rzeźbiarskiej dekoracji architektonicznej, od średniowiecza po okres nowożytny.

Zabytki prezentowane na wystawie odzwierciedlają szczególny rys polskiej obyczajowości i upodobań artystycznych, ukształtowany pod wpływem kontaktów militarnych i handlowych z krajami Bliskiego Wschodu. Dzięki nim przenikały do Polski dzieła rzemiosła artystycznego Turcji, Krymu, Kaukazu czy Iranu - kobierce, jedwabie i makaty, broń i uzbrojenie, paradne siodła i rzędy, które stały się przedmiotami codziennego i odświętnego użytku szlachty i dworu królewskiego.