W sali z paradną bronią pomieszczono przede wszystkim część łupów z XVII-wiecznych kampanii wojsk polskich, w tym trofea z odsieczy wiedeńskiej r. 1683, głównie kunsztownie dekorowane rzędy na konie i siodła, pochodzące z najwybitniejszych warsztatów tureckich, perskich, a także wykonane w Polsce w w. XVII i XVIII. Można też podziwiać militaria ze zbrojowni Jana III Sobieskiego w Żółkwi. Sala w wieży Zygmunta III jest miejscem ekspozycji oznak zaszczytnych Jana III Sobieskiego.

Prywatne Apartamenty Królewskie obejmują sale na pierwszym piętrze zamku - prywatne pokoje królewskie, komnaty świty dworskiej i pomieszczenia dla gości. Na południe od schodów Poselskich, cztery komnaty stanowiły apartament przeznaczony dla gości królewskich. W tej części pałacu zachowały się renesansowe stropy modrzewiowe, a w dwóch salach również pierwotne malowane barwne fryzy ścienne. Szczególną uwagę zwracają gotycko-renesansowe portale, dzieło mistrza Benedykta.

Główna ekspozycja wnętrz zamkowych obejmuje kilka pomieszczeń parteru, a przede wszystkim reprezentacyjne sale na II piętrze pałacu. W trzech komnatach na parterze, zachowały się renesansowe drewniane stropy. Kamienne portale zostały w części zrekonstruowane w okresie międzywojennym; oryginalne, renesansowe, obramienia drzwiowe zdobią zaś sień w klatce schodowej Poselskiej, łączącej parter z prywatnymi apartamentami królewskimi na I piętrze i salami II piętra.

Ekspozycja porządkuje pewne zjawiska w polskim malarstwie drugiej połowy XIX stulecia. Zastosowano ideowe i optyczne dominanty (np. Czwórka Józefa Chełmońskiego, Wieczór nad Sekwaną Aleksandra Gierymskiego, Introdukcja Jacka Malczewskiego, Bydło schodzące do wodopoju Józefa Szermentowskiego, Spotkanie na moście Józefa Brandta). Wyróżniono także artystów wyznaczających nowe tendencje w polskim malarstwie XIX wieku, np. Józef Szermentowski, Józef Chełmoński, Aleksander Gierymski.

Ekspozycja w tej sali ma na celu wyodrębnienie tematyki związanej z nauczaniem na akademiach oraz sztuką oficjalną, reprezentacyjną, prezentowaną na salonach i odpowiadającą zapotrzebowaniu elit i bogatej części społeczeństwa. Przykładem typowym dla malarstwa religijnego tego czasu jest obraz Feliksa Cichockiego-Nałęcza, Matka Boska Prządka (Praca) - łączący uwspółcześnioną ikonografię z formą typową dla akademickiego warsztatu drugiej połowy XIX wieku.

Zgromadzone dzieła łączy: romantyczna nastrojowość; romantyczna ikonografia, zwłaszcza w duchu narodowo-wyzwoleńczym: wybitny przywódca (Napoleon), szlachetny bohater walczący o wolność i najwyższe ideały rewolucyjne: wolność, równość, braterstwo (Dembiński, Kościuszko, ks. Józef), anonimowy żołnierz walczący o wolność (Krakusi). Reprezentowane są obrazy wielkich indywidualności polskiego malarstwa romantycznego (Michałowski, Kwiatkowski, Rodakowski i Grottger).

Początkom sztuki polskiej patronuje wielki mecenas na polskim tronie, Stanisław August Poniatowski. Zorganizowana przez niego polityka kształcenia polskich artystów za granicą, zamiast sprowadzania do Polski obcych, stanęła u początków nowoczesnego malarstwa polskiego. Termin "Oświecenie" przyjęty jako tytuł Sali I wynika z pluralizmu form stylistycznych (późnego baroku, rokoka, klasycyzmu rzymskiego i paryskiego i neoklasycyzmu) panujących na dworze króla oraz w kręgach magnaterii.

Wystawa omawia przemiany w życiu najstarszych mieszkańców okolic Krakowa na przestrzeni ostatnich ponad 70 tysięcy lat. W tym bardzo długim odcinku czasu, krajobraz przechodził istotne przeobrażenia, spowodowane przemianami klimatycznymi związanymi z przesuwaniem się lodowca skandynawskiego. Obok zmian w rzeźbie terenu wielkim przemianom ulegała też szata roślinna - od ubogiej tajgi, poprzez stepo-tundrę aż po bogaty las mieszany optimum klimatycznego holocenu.

Rozmieszczone na ekspozycji stare plany i niezwykle efektowne wirtualne rekonstrukcje ułatwiają orientację w krajobrazie miasta i pomagają wyobrazić sobie jego dawny wygląd. Historia zabudowy tego miejsca rozpoczyna się od czasów powstania i rozwoju podgrodzi, którego część zachowanych w podziemiach Muzeum kamiennych (nieco późniejszych) fortyfikacji można oglądać na wystawie in situ. Od początku XVII wieku istniał tu klasztor karmelitów, który wystawił okazały kościół klasztorny.

W hallu wejściowym do Muzeum (od strony ogrodów) znajduje się gablota ze sławnym już w środowisku archeologów zabytkiem, jakim jest tzw. waza z Bronocic. Zabytek ten jest zresztą ciekawy i dla szerokiej publiczności (eksponowany okaz jest kopią wykonaną przez Renatę Wójtowicz z Oddziału Muzeum w Nowej Hucie). Podczas badań wykopaliskowych prowadzonych w Bronocicach (gm. Działoszyce, woj. świętokrzyskie) doszło w 1976 roku do niecodziennego odkrycia - znaleziono wazę z ornamentem.