Pałac Wielkich Mistrzów obejmuje wnętrza: Kancelaria; Niska sień i aula wejściowa Sala Królewiecka; Zimowy Refektarz; Letni Refektarz; Wysoka Sień; Sypialnia; Kaplica wielkich mistrzów. W przyziemiu skrzydła zachodniego, do którego wiodło osobne wejście z dziedzińca, mieściło się archiwum i kancelaria Zakonu - jeden z najważniejszych urzędów krzyżackich. Na czele kancelarii stał kapelan wielkich mistrzów. Być może tu również funkcjonowała tak zwana Mała Kancelaria.

Wystawa zabytkowego oręża obejmuje wiele cennych okazów z okresu od czasów średniowiecza aż do ubiegłego stulecia. Składają się na nią miecze średniowieczne, rapiery, szpady, arkebuzy, muszkiety i pistolety oraz uzbrojenie ochronne, hełmy, kirysy i zbroje. Wśród prawdziwych rarytasów wyróżniają się napierśniki zbroi turniejowych z XVI w., płytowy półzbrojek jeździecki z XVII stulecia, przykłady myśliwskiej broni palnej z XVII i XVIII w., pistolety puffery z XVI w., strzelby cieszynki z XVII w.

Ekspozycja przedstawia dzieje bursztynu, który towarzyszy twórczości człowieka od czasów prehistorycznych aż po dziś dzień. Wstęp do wystawy stanowi część geologiczno-przyrodnicza ukazująca bursztyn jako minerał, w jego różnych odmianach i formach. Historię bursztynu jako dzieła rąk ludzkich rozpoczyna obszerna część archeologiczna ukazująca najstarsze ozdoby i amulety. Trzon wystawy i zarazem całej Kolekcji Bursztynu stanowią jednak wspaniałe szkatuły, ołtarzyki, sztućce, świeczniki...

Zamek Średni obejmuje: Wielki Refektarz; Kuchnia i izba kuchmistrza; Średniowieczny system ogrzewczy Zamku Malborskiego; Piwnice; Sala Halabarda - Wystawa bursztynu; Pasaż z Apokalipsą; Wystawa broni i uzbrojenia; Kaplica św. Bartłomieja; Infirmeria. W zachodnim skrzydle z Pałacem Wielkich Mistrzów sąsiaduje Wielki Refektarz - największe i najwspanialsze wnętrze w całej świeckiej architekturze Zakonu. Część badaczy zalicza go w skład Pałacu. Wsparte na trzech smukłych filarach.

W salach tych prezentowane są przede wszystkim relikty wystroju i wyposażenia wnętrza głównego kościoła zamkowego pw. NMP, zarówno z okresu krzyżackiego, jak i z czasu użytkowania go przez jezuitów oraz z przełomu XIX i XX w. (okresu restauracji zamku przez Konrada Steinbrechta w latach 1882-1922). Ekspozycja obejmuje zarówno rzeźbę i detal architektoniczny, jak i destrukty rzeźb drewnianych czy malarskie elementy retabulów. W sali prezentowany jest też Ołtarz z Tękit.

Umieszczona w dormitorium wystawa rzeźby gotyckiej prezentuje zarówno figury kultowe, jak i przedstawienia do prywatnej dewocji. Są to przede wszystkim wyobrażenia Matki Boskiej. W państwie krzyżackim kult Marii miał szczególne znaczenie, nie tylko od strony religijnej, ale także politycznej - umacniał władzę Krzyżaków na terenie Pomorza. Maria była patronką Zakonu i Malborka. Dużą czcią otaczano także matkę Marii - św. Annę. Jej wezwanie nosi kaplica grzebalna wielkich mistrzów.

Wystawa prezentuje dziewiętnastowieczne kwatery, pochodzące z dawnego, przedwojennego wystroju kościoła zamkowego. Autorem przeważającej większości z nich był niemiecki witrażysta Johann Baptist Haselberger z Lipska. Na zlecenie kierownika prac przy scjentystycznej (opartej na badaniach naukowych) odbudowie zamku Konrada Steinbrechta wykonał on w latach 1891-93 zespół 66 kwater wzorowanych na gotyckich witrażach z Chełmna. Wypełniły one wówczas większość wysokich okien kościoła.

Ekspozycja archeologiczna prezentuje zagadnienia związane z osadnictwem, gospodarką i kulturą mieszkańców jednego z plemion pruskich w dobie ekspansji Zakonu Krzyżackiego na terenie Pomezanii (XII-XV w.). Wystawa prezentuje materialne ślady kontaktów Prusów z Krzyżakami pozyskiwane podczas wieloletnich badań archeologicznych. Osią ekspozycji jest bardzo bogaty materiał zabytkowy pozyskany z wykopalisk na osadzie w Białej Górze, którą interpretuje się jako historyczny Zantyr.

Zamek Wysoki obejmuje wnętrza: Cela Witold, Sala Narożna pod Kościołem - Wystawa archeologiczna; Sala Narożna - Wystawa witrażu; Kuchnia konwentu Kapitularz, Komnatki dostojników; Gdanisko; Dormitorium 1 - Wystawa rzeźby; Dormitorium 2 i 3 - Wystawa wyposażenia wnętrza Kościoła Zamkowego; Kościół zamkowy pw. NMP; Izba konwentu; Refektarz konwentu; Sala dwukominowa; Spichlerz zakonny - Sala wystaw czasowych; Kaplica św. Anny.