Pomieszczenie apteki znajduje się w południowo-wschodnim narożniku kolegium, zostało ozdobione polichromią - do dziś zachowało się jedno z malowideł na sklepieniu przedstawiające Chrystusa uzdrawiającego. Sklepienie udekorowano stiukowym ornamentem. Drugim zachowanym elementem dawnego wystroju jest apteczne okienko z rokokowym ornamentem. Niestety, nie przetrwały meble i wyposażenie apteczne. Muzeum w latach 80. XX w. otrzymało ruchome wyposażenie z przełomu XIX i XX z różnych aptek opolskich.

W 1675 r. jezuici otworzyli w opolskim kolegium aptekę. Przywilej prowadzenia apteki posiadały wszystkie kolegia jezuickie znajdujące się na terenach rządzonych przez Habsburgów. We wschodniej części kolegium wyznaczono na aptekę pomieszczenie, które dzięki darowiźnie jednego z dobroczyńców zostało zagospodarowane i dostosowane do tego celu. Wedle ustaleń Hermana Hoffmana, juz 20 grudnia 1673 apteka była gotowa. Ponoć zaczęła działać od 1674 r., a nie od 1675 r. - jak się powszechnie podaje.

Leki przygotowywane przez jezuickich farmaceutów były powszechnie wysoko cenione, a apteka jezuicka miała na pewno wielu klientów, zwłaszcza, że to tej pory w Opolu działała tylko jedna apteka. Leki sporządzane były na miejscu przez aptekarza (w aptecznym laboratorium). Jezuiccy aptekarze udzielali też fachowych porad, a ludziom biednym wydawali leki za darmo. W aptekach w tym czasie - oprócz mieszanek ziołowych, proszków i innych mikstur - sprzedawano wyroby, które dzisiaj kupuje się w cukierni, czy delikatesach. Po likier, marcepan, piernik czy biszkopt chodziło się do apteki. Potwierdza to inwentarz opolskiej apteki z 1723 r. Świece i wina kupowało się również w aptece. Jezuici prowadzili aptekę w Opolu do 1776 r., kiedy to w lutym została ogłoszona kasata zakonu.

Organizator: Muzeum Śląska Opolskiego w Opolu