Zbiory muzeum pochodzą z kościołów dawnej Diecezji Chełmińskiej. Prezentują średniowieczną i nowożytną sztukę sakralną: malarstwo, w tym m.in. Poliptyk toruński, obrazy pasyjne z kościoła św. Jana w Toruniu, malarstwo mistrzów pomorskich - Hermana Hana (ok. 1574-ok. 1628) i Andrzeja Stecha (1635-1697); rzeźba: z okresu Madonn na Lwach, stylu międzynarodowego, stylu Pięknych Madonn, oraz końca gotyku z ok. 1500, resztki ołtarzy szafiastych oraz pozostałości wyposażenia wnętrz kościelnych; rzemiosło artystyczne - złotnictwo warsztatów gdańskich, toruńskich i norymberskich: naczynia liturgiczne, monstrancje i relikwiarze, tkaniny od ok. 1560 do 1800, a także rękopisy i starodruki, m.in. Biblia Gutenberga z klasztoru Franciszkanów w Lubawie. Na pierwszym piętrze znajduje się również jedna z dwóch sal przeznaczonych na wystawy czasowe. W skarbcu prezentowane są wyroby złotnicze (głównie paramenty mszalne - kielichy, monstrancje itp.) z wszystkich epok.
Muzeum pelplińskie posiada dwutomową Biblię Gutenberga - jedyną w Polsce - wersję na papierze, mającą oryginalną XV-wieczną oprawę, wykonaną przez mistrza Henryka Costera z Lubeki. Biblia wydrukowana została prawdopodobnie w ok. 200 egzemplarzach – 165 na papierze i 35 na pergaminie. Do naszych czasów przetrwało 48 egzemplarzy tej najcenniejszej książki świata, z czego tylko 20 kompletnych. Najwięcej w USA – 14.
Biblia Gutenberga / 3 - otwarta(2871, 0.68) Biblia Czterdziestodwuwierszowa lub Biblia Mazarina - pierwsze wydawnictwo dziełowe w Europie wykonane za pomocą druku (przy użyciu czcionki ruchomej). Jest kompletnym wydaniem Pisma Świętego. Została przygotowana do druku i wydrukowana w latach 1452-1455 w Moguncji przez Jana Gutenberga, który był również jej wydawcą. Biblia wydrukowana została prawdopodobnie w ok. 200 egzemplarzach - 165 na papierze i 35 na pergaminie.
Skarbiec / 2 - otwarta(1969, 0.46) Na parterze muzeum znajduje się skarbiec, w którym mieszczą się zabytki rzemiosła artystycznego. W skarbcu prezentowane są wyroby złotnicze, głównie paramenty mszalne - kielichy, monstrancje itp. z wszystkich epok.
Sztuka nowożytna / 3 - otwarta(1797, 0.42) Sztuka nowożytna obejmuje szeroki okres ostatnich pięciu stuleci i składają się na nią eksponaty, które tylko w stopniu akcydentalnym reprezentują poszczególne okresy. Najwięcej obiektów pochodzi z doby baroku. Kolekcja jest stale uzupełniana. Wiek XIX i XX są reprezentowane symbolicznie. Ostatnio Muzeum zostało ubogacone przez donacje J.E. Biskupa Pelplińskiego w postaci dużej kolekcji medali pamiątkowych z okresu jego dotychczasowych rządów w diecezji.
Sztuka średniowieczna / 2 - otwarta(2012, 0.47) Sztuka średniowieczna pozostaje pierwszym i podstawowym punktem ciężkości naszych zbiorów. Najważniejsze obiekty muzeum były pierwszymi gromadzonymi przez biskupa Okoniewskiego, jego założyciela i patrona oraz przez ks. infułata Liedtkiego, jego najbliższego współpracownika. Kolekcje uzupełnił w sposób znaczący ks. kanonik Roman Ciecholewski.
Aniceta Miszkiewicz - przewodnik w Muzeum Zamkowym w Malborku, przewodni... Witam Państwa! Od 1989 roku jestem przewodnikiem w Muzeum Zamkowym w Malborku ( w języku polskim), od 1990 pilotem wycieczek krajowych i zagranicznych (w języku polskim i niemieckim), a od 1999 przewodnikiem terenowym na teren dawnego woj. elbląskiego (w języku polskim i niemieckim). Oprowadzam grupy w każdym wieku, różnego typu. W swojej pracy łączę wykształcenie (historia-archiwistyka), doświadczenie (m.in. wieloletnia praca w szkole) i pasję (podróżowan... języki: polski, niemiecki
/ 2 - 
