Ekspozycja obejmuje cały okres funkcjonowania więzienia, ale najwięcej miejsca poświęcono czasom najokrutniejszym w jego historii - latom niemieckiej okupacji 1939-1944, kiedy Pawiak stał się symbolem martyrologii, a jednocześnie symbolem bohaterstwa i bezgranicznego poświęcenia setek tysięcy polskich patriotów. Zasadniczą część ekspozycji stanowi zrekonstruowany w 1965 niemal w całości korytarz więzienny oddziału VII, według zachowanych w AGAD planów Henryka Marconiego.