Udostępniony ogródek na górnym tarasie przy elewacji wschodniej zamku jest pierwszym elementem, odtwarzanego renesansowego zespołu ogrodowego, istniejącego niegdyś w tej części wzgórza. Odkryte podczas prac archeologicznych relikty królewskiego ogrodu pozwoliły zrekonstruować układ ceglanych ścieżek i regularnych rabat. Wzmianki historyczne, z których wynika istnienie skrzyń w ogrodach wawelskich, stały się podstawą do zastosowania, często spotykanych w tamtym czasie, tzw. rabat skrzyniowych.

Smocza Jama - jaskinia w zachodnim zboczu wawelskiego wzgórza, owiana legendą, jest niewątpliwie jedną z większych jego osobliwości. Zwiedzanie Smoczej Jamy rozpoczyna się z terenu wzgórza opodal baszty Złodziejskiej. W ceglanej wieżyczce (dawnej studni austriackiej), znajduje się klatka schodowa. Długość pieczary wynosi 270 m, a dostępna trasa do zwiedzania 81 m. Smoczą Jamę do zwiedzania przystosował Profesor Adolf Szyszko-Bohusz po odzyskaniu w r. 1918 przez Polskę niepodległości.

Ekspozycja mieści się w przyziemiu budynku zamykającego od strony zachodniej dziedziniec pałacu królewskiego. Utworzony rezerwat archeologiczno-architektoniczny obejmuje czteroabsydową rotundę Najświętszej Panny Marii - ŚŚ. Feliksa i Adaukta, a także pozostałości gotyckiego zamku, relikty renesansowych kuchni królewskich; prezentowane są rezultaty dokonanych na Wzgórzu odkryć archeologicznych, fragmenty rzeźbiarskiej dekoracji architektonicznej, od średniowiecza po okres nowożytny.

Zabytki prezentowane na wystawie odzwierciedlają szczególny rys polskiej obyczajowości i upodobań artystycznych, ukształtowany pod wpływem kontaktów militarnych i handlowych z krajami Bliskiego Wschodu. Dzięki nim przenikały do Polski dzieła rzemiosła artystycznego Turcji, Krymu, Kaukazu czy Iranu - kobierce, jedwabie i makaty, broń i uzbrojenie, paradne siodła i rzędy, które stały się przedmiotami codziennego i odświętnego użytku szlachty i dworu królewskiego.

W sali z paradną bronią pomieszczono przede wszystkim część łupów z XVII-wiecznych kampanii wojsk polskich, w tym trofea z odsieczy wiedeńskiej r. 1683, głównie kunsztownie dekorowane rzędy na konie i siodła, pochodzące z najwybitniejszych warsztatów tureckich, perskich, a także wykonane w Polsce w w. XVII i XVIII. Można też podziwiać militaria ze zbrojowni Jana III Sobieskiego w Żółkwi. Sala w wieży Zygmunta III jest miejscem ekspozycji oznak zaszczytnych Jana III Sobieskiego.

Prywatne Apartamenty Królewskie obejmują sale na pierwszym piętrze zamku - prywatne pokoje królewskie, komnaty świty dworskiej i pomieszczenia dla gości. Na południe od schodów Poselskich, cztery komnaty stanowiły apartament przeznaczony dla gości królewskich. W tej części pałacu zachowały się renesansowe stropy modrzewiowe, a w dwóch salach również pierwotne malowane barwne fryzy ścienne. Szczególną uwagę zwracają gotycko-renesansowe portale, dzieło mistrza Benedykta.

Główna ekspozycja wnętrz zamkowych obejmuje kilka pomieszczeń parteru, a przede wszystkim reprezentacyjne sale na II piętrze pałacu. W trzech komnatach na parterze, zachowały się renesansowe drewniane stropy. Kamienne portale zostały w części zrekonstruowane w okresie międzywojennym; oryginalne, renesansowe, obramienia drzwiowe zdobią zaś sień w klatce schodowej Poselskiej, łączącej parter z prywatnymi apartamentami królewskimi na I piętrze i salami II piętra.