W pięknych wnętrzach XV-wiecznej kamienicy mieszczańskiej, reprezentatywnej dla zamożnego patrycjatu toruńskiego prezentujemy ekspozycję przybliżającą życie codzienne mieszkańców Torunia z przełomu XV i XVI w. Poprzez aranżację scenograficzną ukazujemy miejsce pracy mistrza piernikarskiego, pokazujemy oryginalne klocki z XVII i XVIII wieku, pochodzące głównie z dwóch toruńskich warsztatów piernikarskich, które dały początek największym, XIX-wiecznym firmom: Gustawa Weesego i Hermana Thomasa.

Wystawa ta - jedyna w swoim rodzaju - jest właściwie rekonstrukcją najstarszego pokazu pamiątek kopernikowskich zorganizowanego w Narodowym Muzeum Polskim w Rapperswilu w 1870 roku. Stała się ona możliwa dzięki zachowanej fotografii wspomnianej Wystawy, a także dzięki pozyskaniu przez Muzeum Mikołaja Kopernika wielu obiektów prezentowanych w Rapperswilu.

Wystawa, prezentuje świat, dom i środowisko rodzinne, lata nauki, wreszcie lata twórczej samotności we Fromborku (przerywanej tylko niekiedy pełnieniem ważnych funkcji kapitulnych i wystąpieniami publicznymi) wielkiego Astronoma - i jednocześnie skromnego kanonika warmińskiej kapituły katedralnej. Wystawa składa się z 6 części, z których każda tworzy odrębną całość zawartą w poszczególnych wnętrzach dwutraktowej kamieniczki.

Wystawa mieści się w starannie odtworzonych wnętrzach XV - wiecznej kamienicy mieszczańskiej w typie tzw. domu - składu charakterystycznego dla średniowiecznych miast hanzeatyckich. Wnętrze kamienicy jest podzielone na dwa trakty. Na parterze od ulicy na szczególną uwagę zasługuje Wysoka Sień, zajmująca cały trakt, około 5 m. wysokości - główne pomieszczenie domu. Służyła ona celom mieszkalnym i handlowym.

Zwiedzanie Muzeum Mikołaja Kopernika rozpoczynamy od obejrzenia 18 - minutowego spektaklu: projekcji światło - dźwięk przy modelu Torunia z około 1500 roku. Scenariusz projekcji, przygotowany w 8 wersjach językowych, przedstawia najważniejsze wydarzenia z historii Torunia, prezentuje jego architekturę i układ przestrzenny z II połowy XV wieku. Wprowadza widza w dramatyczne wydarzenia wojen polsko - krzyżackich XV wieku, opisując rolę naszego miasta w tych konfliktach.

Do Muzeum Powstania Warszawskiego przylega jedyny w swoim rodzaju ogród - Park Wolności, którego centralnym elementem jest Mur Pamięci. 31 lipca 2004 r. Park od strony wschodniej zamyka Mur Pamięci, na którym wyryto blisko 11 tysięcy nazwisk poległych w Powstaniu żołnierzy Armii Krajowej. W centralnej części Muru Pamięci zawieszono ważący 230 kg dzwon "Monter", poświęcony gen. bryg. Antoniemu Chruścielowi - dowódcy sił Powstania Warszawskiego, trzykrotnemu kawalerowi orderu Virtuti Militari.

W podziemiach znajduje się sala przedstawiająca historię lat 1939-1944 widzianą oczami tych, przeciwko którym powstanie wybuchło. Wystawę otwiera część ukazująca mniejszość niemiecką w przedwojennej stolicy Polski, poddaną silnej indoktrynacji NSDAP, jedynej legalnej partii w III Rzeszy. Następna część dotyczy niemieckiej okupacji w Warszawie począwszy od wkroczenia wojsk niemieckich do Warszawy, jesienią 1939 roku, aż do wybuchu Powstania Warszawskiego.

Replika samolotu Liberator B-24J w skali 1:1 jest centralnym punktem ekspozycji. Wygląd Liberatora KG 890GR-S, który po dokonaniu zrzutu nad walczącą Warszawą został zestrzelony w drodze powrotnej w okolicach Bochni, został wiernie odtworzony. W wykonaną z blachy aluminiowej replikę włączone zostały oryginalne części maszyny. Samolot ten jest symbolem międzynarodowej współpracy podczas wojny - amerykański Liberator w barwach brytyjskiego RAF-u, z polską załogą na pokładzie.

Ten fragment ekspozycji pokazuje walki we wrześniu toczące się w mieście, na Czerniakowie, Mokotowie i Żoliborzu, udział w powstaniu żołnierzy NSZ i AL, a także cudzoziemców. Przedstawiono upadek Powstania i następujące po nim wydarzenia - powstanie i działalność PKWN, decyzje Wielkiej Trójki, kapitulację i exodus ludności Warszawy. Przedstawiono też losy powstańców w PRL. Wyróżnioną częścią jest Miejsce Pamięci, w którym znajdują się powstańcze mogiły.

Na antresoli zaprezentowano walki w sierpniu i życie codzienne w powstańczej Warszawie. Pokazano rzeź Woli, życie religijne i kulturalne, zrzuty oraz szpital powstańczy. W kinie Palladium wyświetlane są trzy powstańcze kroniki filmowe Biura Informacji i Propagandy AK, pokazywane w czasie Powstania. Na trasie zwiedzania znajduje się aranżacja kanału, gdzie identyfikacji z powstańcami służy odpowiednia scenografia, efekty wizualne i dźwiękowe.