Na parterze przedstawiono czas okupacji i sam wybuch Powstania - godzinę "W". W tę część ekspozycji wprowadza kalendarium wydarzeń od 1 września 1939 r. po 8 maja 1945. Pokazano życie codzienne okupowanej stolicy, niemiecki terror, którego symbolem są Palmiry i więzienie na Pawiaku, a także funkcjonowanie Polskiego Państwa Podziemnego i Akcję "Burza". Najbardziej wymownym symbolem godziny "W" jest zegar ustawiony na godzinę 17.00.

Ekspozycja poświęcona jest wielkiemu donatorowi Muzeum Narodowego w Krakowie - Feliksowi Jasieńskiemu zwanemu Manggha (1861-1929). Ten wybitny kolekcjoner dzieł sztuki, opiekun i przyjaciel artystów oraz muzyk zapisał swoje ogromne zbiory Muzeum Narodowemu w Krakowie. Najbardziej znaną część stanowią zabytki sztuki japońskiej prezentowane i przechowywane w Centrum Sztuki i Techniki Japońskiej Manggha - Oddziale Muzeum Narodowego w Krakowie.

Ekspozycja prezentuje w ujęciu chronologicznym najważniejsze tematy w twórczości Stanisława Wyspiańskiego. W ośmiu salach I piętra pomieszczono eksponaty związane z edukacją artysty, jego podróżami artystycznymi oraz współpracą z Janem Matejką i Józefem Mehofferem, a także oryginalne projekty wnętrz oraz sztukę użytkową powstałą na zamówienie Zofii i Tadeusza Żeleńskich oraz Domu Towarzystwa Lekarskiego, którego najpiękniejszą ozdobą i najcenniejszym dziełem był witraż Apollo.

Wystawa prezentuje nieznaną dotąd szerzej kolekcję ikon, która jest jednym z najstarszych i najcenniejszych zbiorów malarstwa cerkiewnego w Europie Środkowej. Znajdują się tu przede wszystkim dzieła pochodzące z południowo-wschodnich rubieży dawnej Rzeczypospolitej. Najważniejszą część zbioru stanowią bezcenne ikony piętnasto- i szesnastowieczne z rejonu Karpat, określane także jako zachodnioruskie.

Wystawa przedstawia dzieła polskiej sztuki średniowiecznej i nowożytnej, pochodzące ze zbioru gromadzonego od XIX wieku, które prezentowane są w zabytkowych wnętrzach Pałacu Biskupa Erazma Ciołka. Najważniejszą częścią wystawy są obrazy i rzeźby gotyckie, od XIV do początku XVI wieku, wśród nich fascynująca rzeźba Madonny z Krużlowej (ok. 1410), jak również najstarsze polskie epitafium obrazowe upamiętniające rycerza Wierzbiętę z Branic.

Galeria ta jest najobszerniejszą tego typu prezentacją muzealną w Polsce. Na powierzchni ponad trzech tysięcy metrów kwadratowych można zapoznać się z wybranymi zjawiskami sztuki polskiej minionego i obecnego stulecia. Ekspozycję otwierają najwybitniejsze przykłady sztuki polskiej około roku 1900. Znaleźć tu można młodopolskie obrazy takich osobistości malarstwa polskiego, jak: Witold Wojtkiewicz, Olga Boznańska, Wojciech Weiss, Józef Pankiewicz, Ferdynand Ruszczyc czy Jacek Malczewski.

Galeria jest największą tego typu stałą ekspozycją muzealną w Polsce. Zaznajamia zwiedzających z bogactwem polskiego i zachodnioeuropejskiego rzemiosła artystycznego w układzie chronologicznym, od czasów wczesnego średniowiecza po secesję. Prezentowana ekspozycja wraz ze stylowo zaaranżowanymi wnętrzami, kolekcją złotnictwa, tkanin, ubiorów, mebli, ceramiki i szkła, uzupełniona została unikatowym zbiorem instrumentów muzycznych, judaików i masoników.

Galeria jest największą w Polsce, po Muzeum Wojska Polskiego w Warszawie, galerią militariów. Powstała w 1991 roku. Każda z sal jest w innych, żywych kolorach, dostosowanych do charakteru pokazywanych w nich 1600 eksponatów. Opowiadają one 1000-letnią historię polskiej wojskowości - od wieku X po czasy II wojny światowej. To jeden z największych i najlepszych zbiorów dawnych militariów, jakie znajdują się w polskich muzeach.

Wystawa monograficzna Erwina Elstera w Muzeum Narodowym w Gdańsku jest zarazem pierwszym indywidualnym pokazem prac tego artysty. Tworzył ponad 60 lat w najciekawszym okresie historii polskiego malarstwa. Zawsze łączył działalność artystyczną z pedagogiczną. Kiedy w roku 1954 został zlikwidowany Wydział Architektury poznańskiej Szkoły Inżynierskiej, na którym Elster był Kierownikiem Katedry Rysunku Odręcznego, zaproponowano mu przeniesienie do kilku ośrodków politechnicznych - wybrał Gdańsk.

Prezentowane w podziemnym Muzeum prace były tworzone podczas XI Międzynarodowego Pleneru Artystów Niepełnosprawnych, który odbył się w dniach 2 - 4 września 2010 r. Tegoroczny plener był wyjątkowo bogaty w inspirujące i piękne miejsca. Artyści odwiedzili Wieliczkę, Niegowić, Wadowice, Kalwarię Zebrzydowską oraz Kraków. W tych miejscach dokumentowali swoje wrażenia i emocje malując świątynie, pomniki i miejsca związane z Papieżem.