Wojsko to w ogromnej swej większości składało się z jazdy. Jej najcięższym typem były chorągwie kopijnicze, w których składzie przeważali ciężkozbrojni jeźdźcy, osłonięci zbrojami płytowymi. Ich sztywne blachy wzmocnione systemem żłobin zwanych kanelurami, odporne były na ogień coraz liczniej używanej broni palnej. Obok nich występowali pocztowi w lżejszym uzbrojeniu strzelczym - samych kirysach i łebkach lub kapalinach, z kuszą lub coraz częściej wschodnim łukiem jako uzbrojeniem zaczepnym.

Duża część sali poświęcona jest bitwie pod Grunwaldem, gdzie 15 lipca 1410 roku połączone siły polsko - litewsko - ruskie rozgromiły wojska Zakonu Krzyżackiego, wspierane przez rycerstwo zachodniej Europy. Centralny akcent stanowi obraz autorstwa Wojciecha Kossaka ukazujący rycerstwo polskie w bitwie pod Grunwaldem. Przed obrazem ustawiono rekonstrukcje dział z I połowy XV wieku, lekką hufnicę na kołach stosowaną w polu i dwie taraśnice używane do obrony i oblężeń zamków.

Sala Bałtycka mieści się na III piętrze budynku Akwarium i najciekawszym jej elementem jest centralnie umieszczona mapa plastyczna przedstawiająca ukształtowanie dna Bałtyku. Można na niej zobaczyć najgłębsze miejsca Bałtyku, na przykład Głębię Landsort (459 m) i najbliższą nam Głębię Gdańską (118 m). Ponadto w Sali Bałtyckiej znajdują się ekspozycje: "Bałtyk wczoraj i dziś", "Ratujmy nasz Bałtyk" oraz "Flora i fauna Bałtyku".

W Sali Dydaktycznej można obejrzeć w niej okazy ryb, gadów, ptaków i ssaków morskich. Do najciekawszych należą: jesiotr ostronosy, rekin młot, delfin pospolity i albatros. Jesiotr ostronosy był największym przedstawicielem naszej rodzimej ichtiofauny - osiągał długość 4 m i ciężar 300 kilogramów. Występował w Morzu Bałtyckim, a na tarło wpływał do rzek. Ten pierwotny gatunek nie potrafił oprzeć się nadmiernym połowom i na przełomie XIX i XX wieku niemal całkowicie zniknął z naszych wód.

Ryby eksponowane w akwariach słodkowodnych pochodzą z czterech rejonów świata: z Ameryki Południowej, Azji południowo-wschodniej, Australii oraz Afryki wschodniej. Na parterze rotundy znajduje się najnowsza sala ekspozycyjna Akwarium Gdyńskiego - Amazonia. Znajdują się tu cztery ogromne zbiorniki biotopowe, w których obsada i wystrój są odzwierciedleniem naturalnego środowiska Dorzecza Amazonki. Niesamowity sposób prezentacji, który został uzyskany dzięki zastosowaniu nowoczesnych ekranów.

Na I piętrze Akwarium mieści się sala Rafa Koralowa, w której można zobaczyć największą żywą rafę koralową w Polsce. W największym zbiorniku na tym poziomie o pojemności 3000 litrów, można podziwiać kilkadziesiąt gatunków koralowców twardych, korale miękkie oraz zwierzęta bezkręgowe, jak np. przydacznie, strzykwy czy rozgwiazdy. Prezentowane ryby raf koralowych, zachwycają niezwykłymi kolorami i bogactwem kształtów.

Wystawa nosząca tytuł "Śladami europejskiej tożsamości Krakowa" jest multimedialnym widowiskiem, podróżą w czasie. Zwiedzający mogą nie tylko zobaczyć, ale i dotknąć historii z początków legendarnego miasta. W parku archeologicznym, znajdującym się ponad 4 metry pod powierzchnią rynku, można zobaczyć niespotykany w Europie przekrój wielkiego, tętniącego życiem, średniowiecznego Krakowa. Odnalezione zabytki świadczą o ciągłości handlu, który w tym miejscu trwa nieprzerwanie od ponad 800 lat.

W Domu Jana Matejki znajdują się prace reprezentujące wszystkie fazy twórczości: od młodzieńczych realizacji (np. "Martwa natura", 1852; "Widok z Wieży Ratuszowej w Krakowie", 1857) po te ostatnie ("Carowie Szujscy na sejmie warszawskim", 1892). Wiele eksponatów wiąże się z kolejnymi etapami pracy twórczej artysty. Są tu niewielkie kompozycje historyczne, szkice do wielkich płócien, wizerunki postaci historycznych. Ważne miejsce zajmują portrety rodziny i przyjaciół.

Zbiory usytuowane są w XVII - wiecznej kamienicy mieszczańskiej, ze względu na wystrój zewnętrznej elewacji zwanej Pod Aniołem. Zachowały się w niej manierystyczno-barokowe zdobienia wnętrz i charakterystyczny dla dawnych mieszczańskich przyzwyczajeń układ pomieszczeń. Jest ona pod tym względem przykładem wybitnego kunsztu zamojskich architektów i budowniczych oraz praktycznej realizacji zamysłu Bernarda Morando, który w Zamościu urzeczywistniał ideę renesansowego miasta idealnego.

Zbiory z zakresu etnografii są gromadzone od momentu założenia Muzeum Zamojskiego w 1926r. W początkowym okresie jego działalności nie było wydzielonej ekspozycji etnograficznej czy tez odrębnego działu związanego z kulturą ludowa. Eksponaty miały obrazować całokształt kultury regionu. Muzealia z zakresu etnografii, zgromadzone w okresie międzywojennym, stanowiły dużą część pozyskanych wówczas zbiorów.